Resumen Phytophthora sojae Kaufm. & Gerd., causante de la pudrición de raíces y tallo de la soja (Glycine max L), se considera uno de los patógenos más limitantes del cultivo en Colombia. En este estudio se compararon tres métodos de inoculación de P. sojae basadas en micelio y oosporas (200-400 UFC mL-1) como fuente de inóculo, con el objetivo de validar un método de inoculación eficiente para selección masiva de germoplasma de soja por su respuesta a la inoculación del patógeno en condiciones de casa de malla. Se evaluaron 12 tratamientos en un diseño de bloques completos al azar con arreglo factorial (3 × 2 × 2): tres métodos de inoculación (inyección, palillos y discos de agar), dos variantes de inoculación (con y sin inóculo), dos variedades (Williams y Corpoica Orinoquía 3), con tres repeticiones. Cada unidad experimental estuvo constituida por 10 a 15 plántulas. Considerando las variables analizadas en este estudio (período de incubación en días, porcentaje de mortalidad y tiempo invertido en min para la inoculación de 10 plántulas), se observó que los tratamientos basados en palillos colonizados con P. sojae causaron 96.67 % de mortalidad de plántulas en un período de incubación de 8.08 días en promedio; presentaron además la mayor eficiencia en la inoculación de germoplasma de soja a gran escala, caracterizándose por su practicidad durante el proceso de inoculación. Los resultados permitieron la validación del método de palillos colonizados y su recomendación para ser aplicado en el programa de mejoramiento genético de soja de AGROSAVIA en Colombia.

Summary Phytophthora sojae Kaufm. & Gerd. The causal agent of root and stem rot of soybeans (Glycine max L), is considered one of the most limiting pathogens of the crop in Colombia. In this study, three inoculation methods of P. sojae based on mycelium and oospores (200-400 cfu mL-1) as inoculum source were compared, with the aim of validating an efficient inoculation method for massive selection of soybean germplasm for its response to pathogen inoculation under mesh house conditions. Twelve treatments were evaluated in a randomized complete block design with factorial arrangement (3 × 2 × 2): three inoculation methods (injection, toothpicks and agar discs), two inoculation avriants (with and without inoculum), two varieties (Williams and Corpoica Orinoquía 3) with three replications. Each experimental unit comprised 10 to 15 seedlings. Considering the variables analyzed in this study (incubation period in days, percentage of mortality and time invested in min for the inoculation of 10 seedlings), it was observed that treatments based on toothpicks colonized with P. sojae caused 96.67 % mortality of seedlings in an incubation period of 8.08 days on average; they also presented the highest efficiency in the inoculation of soybean germplasm on a large scale, characterized by their practicality during the inoculation process. Results allowed the validation of the method of colonized toothpicks and its recommendation to be implemented in the AGROSAVIA soybean breeding program in Colombia.

RESUMO As culturas de soja produzidas nas planícies do leste da Colômbia vem sendo afetadas pela incidência de ferrugem. A doença, ainda considerada oficialmente, pelo Departamento de Agricultura da Colômbia (ICA) como ferrugem americana (ocasionada pelo fungo Phakopsora meibomiae), causa sérios danos à produção nas áreas de cultivo da soja. Os sintomas têm sido observados desde 2004 na metade superior das plantas durante os estágios vegetativos, como lesões marrom-avermelhadas. Em 2005 e 2018, tecidos foliares infectados e uredinosporos foram coletados em uma área experimental e cultivos comerciais dessa cultura. Uma vez que a identificação morfológica e os postulados de Koch confirmaram a presença de Phakopsora spp., foi realizada uma caracterização molecular para se identificar, a nível de espécie, o patógeno associado à ferrugem da soja. Estes foram baseados em procedimentos padrão com espaçadores de transcrição internos (ITS) do rDNA e amplificação por PCR com primers específicos para P. meibomiae e P. pachyrhizi. As sequências obtidas foram verificados por meio do Blast no site do GenBank/NCBI. Os resultados indicaram que Phakopsora pachyrhizi Sydow é, de fato, o agente causal da ferrugem da soja na Colômbia, considerando-se as amostras coletadas em 2005 e 2018. As sequências do ITS-rDNA de P. pachyrhizi foram depositadas com os números de acesso do GenBank MK933723 até MK933731. A informação foi repassada ao ICA, para que atualize oficialmente a situação fitossanitária desse patógeno da soja na Colombia.

ABSTRACT Soybean crops grown in the plains of eastern Colombia have been affected by the incidence of rust. This disease, still officially regarded as American soybean rust (caused by Phakopsora meibomiae) by the Colombian Department of Agriculture (ICA), causes serious damage to soybean growing areas. Symptoms of rust, such as reddish-brown lesions, have been observed since 2004 in the upper half of plants during vegetative stages. In 2005 and 2018, infected leaf tissues and uredinospores were collected from an experimental area and from commercial soybean fields. Once morphological identification and Koch’s postulates confirmed the presence of Phakopsora spp., molecular characterization was performed to identify the pathogen associated with the disease to species level. This was based on standard procedures using internal transcribed spacer (ITS) regions of rDNA and PCR amplification with specific primers for Phakopsora meibomiae and P. pachyrhizi. The obtained sequences were BLASTed against GenBank/NCBI data bank. Results indicated that P. pachyrhizi Sydow is in fact the causative agent of soybean rust in Colombia, considering the samples collected in 2005 and 2018. The ITS-rDNA sequences of P. pachyrhizi were deposited at GenBank under the accession numbers MK933723 to MK933731. This finding was reported to ICA, so that they could officially update the phytosanitary status of this soybean pathogen in Colombia.

Resumen La antracnosis (Colletotrichum acutatum) reduce considerablemente el rendimiento de los cítricos. Los síntomas de la enfermedad se caracterizan por necrosis de los pétalos, caída prematura de los frutos y formación de cálices persistentes. Con el fin de determinar el efecto del patrón y de condiciones ambientales como la precipitación, la humedad relativa y la temperatura en el desarrollo de la antracnosis, se seleccionaron al azar plantas de lima ácida Tahití injertadas en seis portainjertos: Citrumelo, Sunky x English, Carrizo, Volkameriano, Kryder 15-3 y Cleopatra, establecidos en un huerto experimental en el Centro de Investigación La Libertad de la Corporación Colombiana Agropecuaria AGROSAVIA en Villavicencio, Meta. El experimento se llevó a cabo durante tres estaciones de floración, cada una con condiciones climáticas diferentes. Se evaluó la incidencia de la enfermedad y el porcentaje de cálices persistentes. Los resultados no evidenciaron diferencias significativas en la incidencia de la enfermedad y el número de cálices persistentes entre los patrones evaluados. Sin embargo, el efecto en la caída de los frutos, expresado en cálices persistentes, dependió de las condiciones climáticas que favorecieron el desarrollo del patógeno, siendo los meses lluviosos, la humedad relativa elevada y las temperaturas bajas factores predisponentes de la pérdida considerable de frutos a causa de la enfermedad en la lima ácida Tahití cultivada en el piedemonte llanero de Colombia.

Abstract Citrus anthracnose (Colletotrichum acutatum) can cause considerable yield loss in citrus orchards. The symptoms of the disease include petal necrosis, premature fruit drop, and persistent calyces. To determine the effect of the pattern and environmental conditions such as precipitation, relative humidity, and temperature on the development of anthracnose, we randomly selected Tahiti lime plants grafted onto six rootstocks: Citrumelo, Sunky x English, Carrizo, Volkameriano, Kryder 15-3 and Cleopatra prepared at the Corporación Colombiana Agropecuaria AGROSAVIA "La Libertad" experimental orchard in Villavicencio, Meta. We conducted the experiment during three flowering seasons, each with different climatic conditions. We evaluated the incidence of the disease and the percentage of persistent calyces. The results showed no significant differences in the incidence of the disease and the number of persistent calyces among the patterns under evaluation. However, the effect on the fruit drop, expressed in persistent calyces, depended on the climatic conditions favoring the development of the pathogen, i.e., the rainy months, the high relative humidity, and low temperatures, as well as predisposing factors causing considerable fruit loss due to the disease in Tahiti limes grown in the Colombian eastern foothill piedmont.

RESUMO A oomiceto Phytophthora sojae tem sido relatada como causadora de “amortecimento” em pré e pós-emergência, e apodrece em caules e raízes em lavouras de soja em todo o mundo. Com o aumento da área plantada com soja na Colômbia na região plano do departamento de Meta e à presença de condições ambientais altamente favoráveis, foram observados sintomas de danos às mudas que podem ser causados por um complexo de patógenos onde P. sojae está incluída. Este trabalho teve como objetivo identificar o agente causador da podridão radicular e do caule em lavouras de soja na região do departamento Meta, a través do diagnóstico microbiológico e molecular de 84 amostras de tecido afetado. A caracterização morfológica do agente causador e macroscópico das colônias foi realizada no meio V8 modificado. A identificação molecular foi realizada por amplificação da região ITS. Para a comparação filogenética, foram utilizadas sequências ITS relatadas em estudos anteriores e depositadas no GenBank para diferentes espécies do género Phytophthora, de isolados da espécie P. sojae de diferentes regiões geográficas e das sequências de P. sojae obtidas neste estudo. Das 84 amostras analisadas no período 2015-2017, sete (7) amostras correspondentes a 8% apresentaram sintomas típicos de podridão radicular e caule e foram atribuídas a P. sojae, confirmando os postulados de Köch. As 77 amostras restantes correspondentes a 92% apresentaram sintomas do complexo “Damping off” e foram associadas ao Pythium spp., e Fusarium spp. Este é o primeiro registro da presença de P. sojae e a sua participação como agente causal da podridão radicular e do caule em lotes comerciais de soja no Altillanura plana do departamento de Meta.

ABSTRACT The oomycete Phytophthora sojae has been reported to cause “Damping off” during pre and post-emergence, as well as root and stem rot in soybean crops worldwide. The increase in the soybean planted area in Colombia, in the region of eastern high plains of Meta Department, and the presence of highly favorable environmental conditions led to the appearance of seedling damage symptoms, which could be caused by a pathogen complex that includes P. sojae. This study aimed to identify the causal agent of root and stem rot in soybean crops in the region of Meta Department through microbiological and molecular diagnosis of 84 affected tissue samples. Morphological characterization of the causal agent and macroscopic characterization of colonies were performed in modified V8 medium. Molecular identification was done by amplification of the ITS region. Phylogenetic comparison employed ITS sequences reported in previous studies and deposited in the GenBank for different species of the genus Phytophthora, isolates of the species P. sojae from different geographical regions and the sequences of P. sojae obtained in this study. Of the 84 samples analyzed during 2015-2017, seven (7) samples corresponding to 8% showed typical symptoms of root and stem rot, which were attributed to P. sojae, confirming Koch’s postulates. The remaining 77 samples corresponding to 92% presented symptoms of the “Damping off” complex and were associated with Pythium spp. and Fusarium spp. This is the first report of the presence of P. sojae and its participation as a causal agent of root and stem rot in commercial areas of soybeans in the eastern high plains of Meta Department.

RESUMEN El oomycete Phytophthora sojae ha sido reportado como causante de “Damping off” en pre y post emergencia, y pudrición en tallos y raíces en cultivos de soya a nivel mundial. Con el incremento del área sembrada de soya en Colombia en la altillanura plana del departamento del Meta y a la presencia de condiciones ambientales altamente favorables se han observado síntomas de daños en plántulas que pueden ser causados por un complejo de patógenos dónde se incluye a P. sojae. Este trabajo tuvo como objetivo identificar el agente causal de la pudrición de raíces y tallo en cultivos de soya en la altillanura plana del Meta, a partir del diagnóstico microbiológico y molecular de 84 muestras de tejido afectado. La caracterización morfológica del agente causal y macroscópica de las colonias se realizó en el medio V8 modificado. La identificación molecular fue realizada mediante la amplificación de la región ITS (¨The internal transcribed spacer region¨) presente en el genoma de hongos y omycetes. Se realizó análisis filogenético comparando las secuencias ITS de diferentes especies del género Phytophthora reportadas en estudios anteriores y depositadas en el GenBank, de aislamientos de P. sojae de diferentes regiones geográficas y las secuencias de P. sojae obtenidas en este estudio. De las 84 muestras analizadas en el período 2015-2017, siete (7) muestras correspondientes al 8% presentaron síntomas típicos de pudrición de raíz y tallo y fueron atribuidos a P. sojae confirmando los postulados de Köch. Las 77 muestras restantes, correspondientes al 92 % presentaron síntomas del complejo “Damping off” y fueron asociados a Pythium spp. y Fusarium spp. Este es el primer registro de la presencia de P. sojae y su participación como agente causal de las pudriciones de raíces y tallo en lotes comerciales de soya en la altillanura del departamento del Meta.

Resumen La melina (Gmelina arborea Roxb) es una especie de amplia distribución mundial y de elevado valor comercial por su crecimiento rápido y las excelentes propiedades físicas y mecánicas de su madera; sin embargo, constantemente se ve amenazada por diversos factores físicos, químicos y biológicos, siendo los hongos y las bacterias los microorganismos que más pueden afectar su producción. El presente estudio tuvo como objetivo aislar e identificar hongos y bacterias asociados con fustes enfermos de G. arborea en plantaciones ubicadas en el departamento del Tolima (Colombia). La caracterización morfológica de las colonias fúngicas se realizó en el medio Papa-Dextrosa-Agar (PDA) con posterior identificación microscópica, después de inducir la producción de las estructuras reproductivas. El aislamiento de las bacterias se realizó en Agar Nutritivo (AN), con posterior caracterización bioquímica. La identificación molecular fue realizada mediante la amplificación de la región ITS para hongos y 16S para bacterias. Se identificaron los hongos Lasiodiplodia theobromae, Coniothyrium aleuritis, Curvularia geniculata, Chaetomium globosum, Phomopsis columnaris, Diaporthe sp y un aislamiento perteneciente a la clase Dothideomycetes. Las bacterias correspondieron a Bacillus cereus, Pseudomonas alcaligenes y Pantoea dispersa. Mediante pruebas de patogenicidad se determinó que los microorganismos causantes de la pudrición del tejido vascular en fustes jóvenes de melina fueron L. theobromae y C. geniculata.

Abstract Gmelina (Gmelina arborea Roxb) is a species of global distribution with a high commercial value due to its rapid growth and excellent physical, chemical, and biological features. Fungi and bacteria are the most important microorganisms that can affect its production. The present study aimed at isolating and identifying fungi and bacteria associated with G. arborea stem diseases in plantations located in the department of Tolima (Colombia). The morphological characterization of the fungal colonies was carried out in Potato Dextrose Agar medium (PDA) with subsequent microscopic identification after inducing the reproductive structures. Bacteria isolation was conducted in nutrient agar with subsequent biochemical characterization. The molecular identification was made by the amplification of the ITS region for fungi and the 16S for bacteria. We identified the fungi Lasiodiplodia theobromae, Coniothyrium aleuritis, Curvularia geniculata, Chaetomium globosum, Phomopsis columnaris, Diaporthe sp, as well as an isolate belonging to the Dothideomycetes class. The bacteria corresponded to Bacillus cereus, Pseudomonas alcaligenes, and Pantoea dispersa. The pathogenicity tests determined that L. theobromae and C. geniculate caused rot of vascular tissue in young candahar stems.

Resumen Una de las enfermedades que más afecta el cultivo de la soya es causada por Phytophthora sojae, un patógeno del suelo que pudre el tallo y la raíz de las plantas, ocasionando importantes pérdidas económicas para los productores. En la Orinoquia colombiana el patógeno se ha visto favorecido por la interacción de las características de los suelos ácidos y con problemas de drenaje, la introducción de variedades altamente susceptibles, la siembra directa y condiciones ambientales muy favorables para el desarrollo de la enfermedad. Dado que el mejor método de manejo de la enfermedad se logra con el uso de variedades tolerantes o resistentes, se evaluó la reacción a la infección con aislamientos locales de P. sojae en 18 cultivares de soya. Las pruebas de patogenicidad en los materiales de soya de la oferta genética de la Corporación Colombiana de Investigación Agropecuaria (Agrosavia) evidenciaron la posibilidad de seleccionar fuentes de resistencia en la variedad Corpoica La Libertad 4, la cual demostró resistencia moderada específica frente a la virulencia de los aislamientos inoculados. La Línea Élite 105, desarrollada en el programa de mejoramiento del 2016, la variedad Corpoica Orinoquia 3, Superior 6 y la variedad introducida BRS_ Corisco, fueron altamente susceptibles a P. sojae.

Abstract One of the most limiting diseases of soybean crop is caused by Phytophthora sojae, a soil pathogen that causes stem and root rot resulting in important economic losses for producers. In the Colombian Orinoquia, the pathogen has been favored by the intrinsic soil properties such as low pH and drainage impediments, as well as the introduction of highly susceptible varieties, direct sowing and highly favorable environmental conditions for the development of the disease. Eighteen soybean cultivars were evaluated for their reaction to the infection with local P. sojae isolates as the disease is managed by using tolerant and/or resistant varieties. Pathogenicity tests on soybean materials from the Colombian Agricultural Research Corporation (Agrosavia) indicated potential sources of resistance in the variety Corpoica La Libertad 4, which showed a moderate specific resistance to the virulence of the inoculated isolates. The Elite Line 105, developed in 2016 by Agrosavia, the varieties Corpoica Orinoquia 3, Superior 6 and the introduced variety BRS_Corisco, were highly susceptible to P. sojae.

Resumen. El análisis de 914 muestras de raíces, rizomas, pseudotallos, inflorescencias y hojas de cuatro variedades comerciales de heliconia, cultivadas en el municipio de Chinchiná-Caldas (Colombia), permitieron identificar cinco géneros de hongos fitopatógenos (Rhizoctonia, Fusarium, Colletotrichum, Helminthosporium y Curvularia), tres géneros de bacterias fitopatógenas (Ralstonia, Pseudomonas y Erwinia), dos especies de virus (Banana streak virus (BSV, Badnavirus,) y Cucumber mosaic virus (CMV, Cucumovirus,)), y siete géneros de nematodos fitoparásitos (Helicotylenchus, Tylenchus, Meloidogyne, Ditylenchus, Aphelenchoides, Pratylenchus y Radopholus). De ellos, Fusarium sp., afectando pseudotallos, Pseudomonas sp., afectando hojas e inflorescencias, y los nematodos fitoparásitos Ditylenchus sp., Aphelenchoides sp., Pratylenchus sp. y Radopholus sp., son reportes nuevos en la producción de heliconias en Colombia. Las enfermedades más limitantes correspondieron al tizón foliar, causado por Helminthosporium sp.; la bacteriosis, causada por Pseudomonas sp.; el manchado de pseudotallos, causado por Fusarium sp.; la pudrición de calcetas, causada por Erwinia sp.; y el moko, causado por Ralstonia solanacaearum. Las pruebas de patogenicidad demostraron que Colletotrichum sp. y Phoma sp. no son patogénicos en hojas; mientras que Fusarium sp., inoculado en pseudotallos, Helminthosporium sp. y Pseudomonas sp., inoculados en hojas, y Colletotrichum sp. y Pseudomonas sp., inoculados en inflorescencias, presentaron valores de incidencia de 83,3, 86,6, 93,3, 100,0 y 100,0%, respectivamente.

Abstract. Analysis of 914 samples of roots, rhizomes, pseudostems, inflorescences and leaves of four commercial varieties of heliconia, cultivated at the municipality of Chinchiná-Caldas (Colombia), allowed to identify five genera of plant pathogenic fungi (Rhizoctonia, Fusarium, Colletotrichum, Helminthosporium and Curvularia), three genera of plant pathogenic bacteria (Ralstonia, Pseudomonas and Erwinia), two species of viruses (Banana streak virus (BSV, Badnavirus,) and Cucumber mosaic virus (CMV, Cucumovirus,)), and seven genera of plant parasitic nematodes (Helicotylenchus, Tylenchus, Meloidogyne, Ditylenchus, Aphelenchoides, Pratylenchus, and Radopholus). Of these, Fusarium sp., affecting pseudostems, Pseudomonas sp., affecting leaves and inflorescences, and the plant parasitic nematodes Ditylenchus sp., Aphelenchoides sp., Pratylenchus sp. and Radopholus sp., are new records in the heliconia production in Colombia . The most limiting diseases corresponded to leaf blight, caused by Helminthosporium sp.; the bacterioses, caused by Pseudomonas sp.; the spotted stems, caused by Fusarium sp.; and soft rot of the pseudostems, caused by Erwinia sp. The pathogenicity tests demonstrated that Colletotrichum sp. and Phoma sp. are not pathogenic in leaves; while Fusarium sp., inoculated in pseudostems, Helminthosporium sp. and Pseudomonas sp., inoculated in leaves, and Colletotrichum sp. and Pseudomonas sp., inoculated in inflorescences, had incidence values of 83.3, 86.6, 93.3, 100.0 and 100.0%, respectively.